Llegados al punto de la guerra de Afganistán anteriormente citado, Al Jazeera será de nuevo una pieza fundamental en la guerra que se iba a librar en suelo afgano. Tras cubrir a duras penas la Segunda Intifada y ganarse la confianza de la opinión pública de la mayoría de la población árabe por lo general, seguirán con su política y línea editorial de intentar sacar aquellas noticias a la luz que las grandes agencias y medios de los países desarrollados intentan ocultar, como es el caso de la CNN. Además cuenta con el apoyo de las principales fuentes testimoniales, ya que estas no van a contar sus casos a las agencias que acompañan al ejército invasor, puesto que creerían que la información va a ser trastocada. En este contexto de la guerra de Afganistán tenemos que dar importancia al fenómeno que se va a producir sin precedentes y que va a ser el pan de cada día en lo que se refiere a terrorismo integrista islámico internacional. Así a partir de la invasión afgana tras los atentados anteriormente citados Al Jazeera se va a convertir en el vehículo de comunicación de los terroristas y el mundo. La cadena árabe va a recibir la documentación en donde se incluyen los principales vídeos de Osama Bin Laden y demás relacionados con Al Qaeda en donde se explica la misión que tiene la organización además de todas las amenazas contra los Estados Unidos y demás países aliados. El canal de Catar se convertirá en la principal fuente a la que acudir si se quiere saber sobre los principales protagonistas del terrorismo internacional. Como hemos mencionado anteriormente, Al Jazeera se ganó la confianza de las fuentes de procedencia árabe, que por lo general solían mostrarse recelosas ante los medios de comunicación occidentales. Por eso los terroristas no tuvieron otra oportunidad mejor ante la situación. Se mezcló lo que hemos explicado anteriormente para que Al Jazeera se convirtiera en el medio digital para globalizar las noticias que ocurrían en el mundo árabe y que a la vez quisieran mostrar al mundo su poder de terror.
El hecho de que Al Jazeera fuera el vehículo oficial para los comunicados terroristas de Al Qaeda, produjo una gran polémica entre los gobiernos de los países de la coalición que invadió Afganistán. Se llegó a acusar a la cadena de apología del terrorismo, así como una posible vinculación con el terrorismo fanático islamista. Más concretamente se llegó a circular entre los medios occidentales que el susodicho canal árabe era la voz de los terroristas. La cadena se defendió refiriéndose a que si eran ellos los que recibían esta documentación por parte de los terroristas era debido a que su buena acogida por parte de la audiencia árabe hacía que Osama Bin Laden y sus seguidores viesen como una buena forma de mostrar ante el mundo su poder, al ser este el medio que más los identificaba. Este hecho fue el que más polémica creo desde la creación de la cadena satélite. Su vinculación como voz del terrorismo islamista fanático a ojos de la humanidad. Su otra perspectiva a la hora de cubrir el conflicto de Irak también creará malestar entre el gobierno norteamericano y la que fue cadena omnipotente durante la I guerra del Golfo en 1990.
Islam en el SXXI 